La Oficina Nacional de Semillas (ONS) como ente certificador, establece las normas y procedimientos de control necesarios para la reproducción, beneficio y comercio de semillas, con el fin garantizar una semilla de calidad reconocida. Para ello, se establecen las normas correspondientes de aplicación tanto, a nivel de inspección de campo como en los análisis de laboratorio. Las normas de calidad y los respectivos procedimientos, conforman los reglamentos técnicos específicos para cultivos en los que se ha establecido esta modalidad de control externo de calidad.
En los inicios de operación de la Oficina (1979), se inicia formalmente el Programa de Certificación de Semilla de Arroz y posteriormente el de Frijol. Con el transcurrir de los años y, conforme fueron surgiendo necesidades en otros cultivos, se fueron estructurando y poniendo en ejecución nuevos programas de certificación de semillas. Actualmente, se tiene en operación este sistema integral de control oficial de calidad en la producción de semilla de los cultivos de: arroz, frijol, maíz, papa, café, palma aceitera y especies forestales.
En general, los programas de certificación de semillas han hecho posible el mantenimiento, producción y distribución de semillas de variedades mejoradas, generadas por la investigación; contribuyendo al abastecimiento interno con semilla de calidad y, a su exportación.