La inscripción como productor y comercializador es anual y tiene un costo (ver en Sitio Web). También se debe llenar el formulario de inscripción del jardín clonal y del vivero; para ello es indispensable que presente la factura oficial de compra proporcionada por las empresas que ya están dentro del Programa de Certificación de Cacao.
Posteriormente el inspector de la Oficina Nacional de Semillas, realiza la ubicación, georeferenciación y verificación genética de los jardines clonales y de los viveros que se están inscribiendo. La sanidad y ausencia de plagas, así como la identificación de los clones con cintas de colores, es muy importante en el proceso de certificación.
Las visitas de inspección en el campo se realizan cada mes y medio o en su defecto, cuando el inspector lo estime conveniente. Cuando las plantas injertadas o las varetas están listas para la venta, la Oficina Nacional de Semillas proporciona un facturero de control oficial de comercialización y etiquetas adhesivas de certificación; ambas deben acompañar cada venta del material certificado. El costo de certificación por planta injertada y por yema puede verlos en la sección de Tarifas.